Se fundó con el entusiasmo de la juventud en 1956. El fútbol es un imán que atrae a la juventud del barrio para unir fuerzas y organizar esta actividad y otros deportes. Dirigentes del equipo Nicaragua convocan a entusiastas moradores del sector para formar la Liga. En 1956 nació la organización deportiva en el tradicional barrio de Quito, San Juan. 65 años de vida activa.
Luego de varias reuniones preparatorias se concreta el nacimiento de Liga San Juan con la firma de los dirigentes de los clubes Nacional, Nicaragua, Wesco, Luz de América, Torino, Águilas Azteca, Rocafuerte y Tarqui. El primer sillón presidencial ocupó Aníbal Baca.
La tradicional inauguración se va constituyendo en la identidad del deporte barrial y abrió las páginas deportivas en el colegio Mejía en septiembre de 1956. El primer campeón de la naciente Liga fue Nacional, subcampeón Águilas Azteca. Este fue el ejemplo de integración y participación de la comunidad que la mantiene hasta la actualidad, han recorrido 65 años de práctica deportiva en los cuales los equipos Nacional y Nicaragua se destacan en los primeros torneos y se van turnando los primeros lugares.
Liga San Juan no solamente organizó los torneos de fútbol, sino también realizó el vóley, basquetbol, billar, natación, ciclismo posteriormente el boxeo apoyando a la juventud para crear su semillero. Las gestiones de los directivos también es un ejemplo para conseguir el terreno y construir el escenario deportivo.
En 1962 alcanzó uno de los logros deportivos en las Olimpiadas Interbarriales organizadas por la Federación de Ligas de Quito, alcanzó el título en la categoría “Pives” (fútbol), invictos, subcampeón en basquetbol y billar, así construyó el camino de esfuerzo, lucha, integración y organización para generar espacios para la práctica deportiva.
El esfuerzo de los directivos se refleja en el amplio complejo que dispone en la actualidad, una cancha para la práctica del fútbol con varios servicios, el coliseo cerrado para basquetbol, fútbol sala, ecuavoley, boxeo y la sede social son espacios que permite brindar un buen servicio a los diferentes actores que asisten al escenario deportivo. El reconocimiento jurídico con acuerdo ministerial se establece el 18 de mayo del 2004.
En la actualidad por la pandemia por el Covid-19 (virus) se frenó la organización de los torneos. A secas los directivos actuales de Liga San Juan recuerdan este aniversario con importantes mensajes de solidaridad y esperando que pronto se retorne a la práctica deportiva.